最终朝廷议定将杨应龙革职，由其长子明播州宣慰使司同知：杨朝栋，代理职务，暂时羁押其次子明播州宣慰使司都事：杨可栋，为人质，等杨应龙如数缴纳罚款再行释放。
8月初2日，明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，首次带领建州女真左卫使团前往京城朝贡。
这次回来经历让他大开眼界，看着中原地区的繁华景象，在想想建州左卫军民指挥使司的蛮荒部落地区，让他开始对自己屈居在兄长的属下地位感到不满，他希望有朝一日能够当上建州女真左卫军民指挥使。
他还对中原先进的农耕文明和汉文化产生了浓厚兴趣。
为此还特意在京城订制了一件汉服，并且亲自穿着汉服入朝觐见大明天子，朝中的文武百官们见状，纷纷夸赞这是建州女真八部里面最有汉文化之人了，穿着冕服的明神宗：朱翊钧，也很赏识明建州左卫军民镇抚使，赐了许多金银珠宝给建州女真左卫朝贡使。
另外明礼科给事中：杨天民、明都察院四川道监察御史：牛应元，曾奏“建文年号，不宜革除，值会纂修国史之时，当更正洪武三十二年至洪武三十五年年号，以复建文元年、二、三、四，的四年之旧。”
礼部议从其议，明神宗亦表示同意，于9月16日诏以建文朝附国史《太祖本纪》末，复其年号。
10月17日，兵部考选军政，明神宗下令说“其中有许多副千户，未经奏请即署秩正四品官职（卫指挥佥事）？”
于是，下令严厉责备大臣们徇私、兵科不检举揭发，又责备五城御史抄太监客用家时不称旨，责备客用的财产私藏于明崇信伯：费甲金，家而刑部拷讯无实。
最后又移怒于南北两京六科、监察道御史官，责其失职，闭口不言。
为此先后将两京中的；兵部武选清吏司郎中、兵部给事中、兵部员外郎、兵部主事、十三道监察御史等文臣武将，三十余人尽罢斥为民，数十人或被降为杂职，或被贬级调外、发配边疆，或仃支俸一年。
明内阁首辅：赵志皋、明东阁大学士：陈于陛、明吏部尚书：沈一贯，及九卿各自上疏救援，明兵部尚书：石星，还请自己罢职以宽被害诸臣，但明神宗皆不听。
反而还惹得明神宗严治诸臣的圣旨频烦下达，举朝无不震惊，史称「军政之狱」。
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